Un virus Ebola (parfois orthographié Ébola) est un virus appartenant à la famille des filovirus. Son nom provient du nom d’une rivièrepassant près de la ville de Yambuku, en République démocratique du Congo. C’est à l’hôpital de cette localité que fut identifié pour la première fois le virus, lors d’une épidémie qui débuta le 1er septembre 1976. Le virus est responsable de la fièvre hémorragique Ebola, une maladie foudroyante qui s’attaque à l’humain et aux autres primates, principalement transmise par la chauve-souris. Son apparition chez l’homme semble récente (premier cas recensé en 1976) bien que l’on retrouve chez certaines populations africaines des traces d’anticorps.
Les deux premières épidémies recensées par l’OMS ont eu lieu en 1976, au Soudan (151 morts pour 284 cas1) et au Zaïre (280 décès pour 318 cas). Un cas mortel est identifié au Zaïre en 1977. De nouvelles contaminations surviennent au Soudan en 1979 : 22 décès pour 34 cas. En 1989, une épidémie touche les singes d’une animalerie de Reston, États-Unis. Elle ne fait aucune victime humaine. Le même type d’épidémie est observé en 1992 en Italie, et en 1996 aux États-Unis.
D’autres contaminations humaines massives surviennent dans les années 1990, en 1994 au Gabon (31 décès pour 52 cas) et en Côte d’Ivoire (un cas, non mortel), en 1995 au Zaïre (254 décès pour 315 cas), en 1996 au Gabon (deux épidémies successives, faisant respectivement 21 décès pour 31 cas, de janvier à avril, et 45 décès pour 60 cas, de juillet à décembre). Une infirmière ayant soigné des malades atteints au Gabon meurt d’Ebola en Afrique du Sud, la même année.
En 2000, Ebola touche pour la première fois l’Ouganda (224 décès pour 425 cas) ; elle y revient en 2007 dans la région du lac Albert (37 morts pour 149 cas, soit un taux de mortalité inhabituellement bas de 25 %, peut-être en raison d’une souche moins virulente), 2011 (1 cas mortel, à 35 km de la capitale2), 2012 (dans le district de Kibale, dans l’ouest du pays : 17 morts pour 24 cas3) et 2013 (4 morts pour 7 cas). Une épidémie touche de nouveau le Gabon en 2001-2002 (53 décès pour 65 cas), ainsi que la République du Congo voisine (44 décès pour 59 cas en 2001-2002, 128 décès pour 143 cas de janvier à avril 2003, 29 décès pour 35 cas en novembre-décembre 2003, 10 décès pour 12 cas en 2005). La République démocratique du Congo est également touchée en 2007 (187 morts pour 264 cas), 2008 (dans le Kasaï-Occidental, 14 décès pour 32 cas) et 2012 (dans la Province orientale, 29 décès pour 54 cas).
Début 2014, l’Afrique de l’Ouest est le théâtre de l’épidémie d’Ebola la plus meurtrière depuis la découverte des premiers cas en 19764,5. D’abord localisée dans le sud de la Guinée, notamment dans les préfectures de Gueckédou6, Macenta et Kissidougou, l’épidémie se propage rapidement au Liberia puis dans un deuxième temps à la Sierra Leone78. Des cas de maladie à virus Ebola survenus en Sierra Leone lors d’une épidémie de fièvre de Lassa entre 2006 et 2008 et identifiés montrent que le virus était déjà présent dans la région9. En juillet 2014, un décès lié au virus survient au Nigéria, il s’agit d’un homme en provenance du Libéria et mort peu après son débarquement à l’Aéroport de Lagos10. Au 26 juillet 2014, on dénombrait 660 décès pour plus de 1100 cas de fièvre hémorragique10.
Le 27 juillet 2014, l’OMS fait état de « chaînes de transmission non détectées » subséquemment à une recrudescence de nouveaux cas en Guinée après plusieurs semaines de faible activité virale.11
Le virus
Virus Ebola (au microscope électronique en transmission)
Comme le virus Marburg, le virus Ebola appartient à la famille des Filoviridae (ordre des Mononegavirales). Il a été décrit pour la première fois en 1976 par David Finkes12. Les Filoviridae sont des virus à ARN de forme filaire (d’où le nom de la classe). Le génome du virus Ebola contient sept gènes qui codent neuf protéines différentes13.
Le genre Ebolavirus regroupe cinq espèces différentes14,15 :
- ebolavirus Zaïre, identifiée au Zaïre en 1976 (la souche découverte en 2014 appartient à cette espèce16) ;
- ebolavirus Soudan, identifiée au Soudan en 1976 ;
- ebolavirus Reston, identifiée dans le secteur de Reston aux États-Unis en 1983 ;
- ebolavirus Forêt de Taï (anciennement appelée Ebola-Côte d’Ivoire), identifiée dans le parc national de Taï en Côte d’Ivoire en 1994 ;
- ebolavirus Bundibugyo, identifiée à Bundibugyo, en Ouganda en 2008.
Les deux premières (Zaïre et Soudan) sont responsables de la quasi-totalité des cas humains13. Le virus philippino-américano-africain (Reston) semble être transmissible à l’homme mais sans donner de signes cliniques17.
Réservoirs viraux
Le réservoir naturel potentiel du virus Ebola pourrait être chez des chauves-souris, notamment l’espèce de la roussette d’Égypte18. Des anticorps du sous-type Zaïre ont été détectés dans le sérum de trois espèces de chauves-souris frugivores tropicales : Hypsignathus monstrosus19, Epomops franqueti20 et Myonycteris torquata21. Les résultats des recherches prouvent aussi la présence de séquences d’ARN viral dans le foie et la rate de ces mêmes petits mammifères volants. Le virus n’a cependant jamais été retrouvé chez ces animaux13. Cette présence démontre que ces chauves-souris sont porteuses du virus sans pour autant être malades, les désignant alors comme réservoir naturel potentiel du filovirus Ebola. Jusqu’à présent, on pensait que les chauves-souris contaminaient d’abord un autre animal avant que le virus n’atteigne les populations humaines. Elles peuvent cependant contaminer directement les humains. En effet, selon l’IRD, dans certaines circonstances, des chauves-souris pourraient directement transmettre Ebola à l’Homo sapiens22.
Les porcs domestiques sont sensibles aux virus Ebola Zaïre (par infection des muqueuses)23. Ils développent alors une maladie respiratoire grave (pouvant être confondue avec d’autres maladies respiratoires porcines), associée à une effusion de charge virale élevée dans l’environnement, exposant les porcs sains à l’infection23.
Écoépidémiologie
Le cycle du virus dans la nature est encore mal connu. On sait qu’il affecte certains grands singes24 et les chauve-souris. L’hypothèse est la suivante :
- Les chauves-souris sont porteuses saines.
- Les chauves-souris contaminent les singes.
- Les humains chassent en forêt, et se font contaminer, (par exemple en « mangeant de la viande de brousse contaminée »25, ou en rencontrant les singes, ou encore en mangeant des chauve-souris comme l’Hypsignathus monstrosus.
Pouvoir pathogène
La période d’incubation varie de 2 à 21 jours (généralement de 5 à 12 jours). Une semaine après le début des symptômes, les virions envahissent le sang et les cellules de la personne infectée. Les cellules les plus concernées sont les monocytes, les macrophages, et les cellules dendritiques. La progression de la maladie entraîne généralement la désagrégation des organes vitaux, en particulier les reins et le foie. Ceci provoque des hémorragies internes importantes. La mort survient, peu de temps après, par choc cardio-respiratoire.
Ebola sature tous les organes et les tissus de particules virales à l’exception des os et des muscles moteurs. Il forme d’abord de petits caillots de sang diffus dans l’ensemble des vaisseaux (coagulation intravasculaire disséminée) dont le mécanisme n’est pas clair26. Les caillots se collent ensuite aux parois des vaisseaux sanguins pour former un « pavage ». Plus l’infection progresse, plus les caillots sont nombreux, ce qui bloque les capillaires. Finalement, ils deviennent si nombreux qu’ils bloquent l’arrivée sanguine dans les divers organes du corps. Quelques parties du cerveau, du foie, des reins, des poumons, des testicules, de la peau et des intestins se nécrosent alors car elles souffrent d’un manque de sang oxygéné.
Une des particularités d’Ebola est la brutalité avec laquelle il s’attaque aux tissus conjonctifs. Il provoque aussi des taches rouges appelées pétéchies ; ce sont des hémorragies sous-cutanées. Il se multiplie dans le collagène de la structure de la peau. Les sous-couches de la peau meurent et se liquéfient ce qui provoque des bulles blanches et rouges dites maculopapulaires. À ce stade, le simple fait de toucher la peau la déchire tant elle est amollie.
Le virus provoque une réaction inflammatoire importante mais certaines protéines virales semblent inhiber l’interféron27.
Modes de transmission
La transmission par contact direct avec les liquides organiques (sang, sperme, excrétions, salive) d’une personne infectée est la plus considérable de toutes. Les risques de propagation chez le personnel hospitalier sont très élevés, particulièrement si la stérilisation du matériel n’est pas assurée. Dans les zones endémiques, des manques en matière d’hygiène et de sécurité ont causé la mort de plusieurs médecins et infirmiers lors d’épidémies et favorisent les contaminations nosocomiales.
La transmission du virus peut aussi s’effectuer par contacts étroits du malade avec ses proches. On entend par contacts étroits des contacts directs avec les liquides organiques d’une personne infectée, qu’elle soit vivante ou décédée. Les rituels funéraires de certaines populations d’Afrique centrale, consistant à laver le corps, puis à se rincer les mains dans une bassine commune, ont souvent favorisé la propagation du virus à travers la famille et les amis du défunt. Des cas de transmission par le sperme se sont déjà produits jusqu’à sept semaines après la guérison clinique du malade. La transmission peut se produire chez des personnes ayant manipulé des primates infectés par le virus, morts ou vivants. Sous des conditions expérimentales, le virus arrive également à se propager par des gouttelettes ou des particules aérosol.
Symptômes
La fièvre hémorragique Ebola se caractérise par une soudaine montée de fièvre accompagnée d’asthénie, de myalgie, de céphalées ainsi que de maux de gorge. Débutent ensuite les diarrhées, les vomissements, les éruptions cutanées et l’insuffisance rénale et hépatique. Des hémorragies internes et externes surviennent ensuite, suivies du décès par choc cardio-respiratoire dans 50 à 90 % des cas. Les signes hémorragiques peuvent être très frustes à type d’hémorragies conjonctivales. Elles peuvent aussi être profuses à type d’hématémèse et demelæna. La contagiosité des malades est donc très variable bien qu’il ne suffise que de 5 à 10 particules virales d’Ebola pour déclencher une amplification extrême du virus dans un nouvel hôte.
La durée d’incubation (le temps écoulé entre l’infection et l’apparition des symptômes) varie de 2 à 21 jours mais elle est dans la plupart des cas de 4 à 9 jours28.
Le décès survient dans un tableau de choc avec défaillance multi-viscérale, au bout de 6 à 16 jours13. Les cas non mortels peuvent entraîner des séquelles neurologiques, hépatiques ou oculaires. Le virus zaïrois semble plus dangereux que le virus soudanais, avec une mortalité atteignant de 60 à 90 % des cas13.
Biologie
Un déficit en globules blancs (leucopénie) est fréquent, touchant particulièrement les lymphocytes. Il peut exister un déficit en nombre de plaquettes sanguines (thrombopénie), une augmentation des transaminases. Une protéinurie (protéines dans les urines) peut apparaître.
Diagnostic
Le diagnostic est suspecté devant le tableau clinique et la localisation en lieu d’endémie ou d’épidémie. Il est confirmé par la détection du virus ou de particules virales, soit par PCR soit parméthode immuno-enzymatique ELISA. La recherche d’anticorps de type immunoglobuline G (IgG) ou immunoglobuline M (IgM) est une méthode indirecte. L’élévation de ces anticorps est retardée (surtout pour les IgG) mais persiste longtemps après la fin de l’infection, permettant un diagnostic rétrospectif.
L’inactivation du virus est souhaitable avant tout test sur des échantillons. Elle peut être faite soit par la chaleur, soit par irradiation29.
Traitement
Il n’existe aucun traitement curatif et l’évolution est fatale dans 60 % à 90 % des cas30,31.
Un vaccin vivant atténué expérimental donne des résultats encourageants chez le singe32. Il a été administré en mars 2009 à une chercheuse travaillant sur le virus, après une possible contamination accidentelle. L’évolution en a été favorable33.
D’autres pistes sont en cours d’exploration chez l’animal : utilisation d’une protéine inhibitrice d’un facteur de la coagulation34 ou inhibition de l’ARN polymérase viral par des ARN interférents35.
Précautions
- L’abattage des animaux infectés en utilisant des gants et un masque, avec une surveillance rigoureuse de l’enterrement ou de l’incinération des carcasses, peut s’avérer nécessaire pour réduire le risque de transmission de l’animal à l’homme. La restriction ou l’interdiction du déplacement des animaux à partir des élevages infectés vers d’autres zones peut réduire la propagation de la maladie36,37.
- Les produits (sang et viande) doivent être cuits soigneusement avant d’être consommés.
- Les communautés touchées par le virus Ebola doivent informer la population de la nature de la maladie et des mesures prises pour endiguer la flambée, y compris lors des rites funéraires. Les personnes mortes de cette infection doivent être enterrées rapidement et sans prendre de risque.
- L’imposition de la quarantaine, l’interdiction d’aller dans les hôpitaux, la suspension de la pratique des soins aux malades et des funérailles ainsi que la mise à l’écart des malades dans des huttes séparées qui sont désinfectées (de l’eau de javel à deux semaines d’intervalle suffit), parfois brûlées après la mort de leurs occupants, permettent d’endiguer les épidémies. Sur le terrain, il n’existe toujours pas de mesure plus sécuritaire si ce n’est le port du filtre à air.
- Les recherches en laboratoires doivent être menées au sein d’installations de confinement de niveau de biosécurité 4. Les laboratoires de niveau 4 sont entièrement autonomes et possèdent un système de ventilation spécialisé, un sas d’entrée et de sortie, des enceintes de protection biologique de classe III, etc. Les procédures sur la stérilisation et la décontamination y sont rigoureusement appliquées et les employés revêtent une combinaison pressurisée.
En Europe, le premier laboratoire à recevoir l’autorisation de travailler sur Ebola, en l’an 2000, fut le laboratoire P4 Jean Mérieux, à Lyon (France)38.
Aux États-Unis, la NIH finance à partir de 2012 pour une durée de 5 ans l’institut Albert Einstein College of Medicine afin d’étudier les mécanismes moléculaires de l’infection du virus et sa diffusion chez l’animal39.
